Musiikkiterapiaan tullaan yleensä lääkärin lähetteellä tai ottamalla itse yhteyttä Helsingin musiikkiterapiaan. Terapia voi olla Kelan tai sairaanhoitopiirin (HUS) tukemaa tai joskus maksajana voi olla kaupunki, vakuutusyhtiö tai asiakas itse. Terapiajakso alkaa usein alkuarvioinnilla (3-5 tapaamiskertaa), jonka jälkeen terapeutti, asiakas ja mahdollisesti lääkäri/kuntoutuksesta vastaava taho yhdessä arvioivat terapian aloittamista ja sille asetettavia tavoitteita.
Musiikkiterapiassa käydään yleensä 1-2 kertaa viikossa, 30-60 minuuttia kerrallaan. Työtavat valitaan yhdessä asiakkaan kanssa ja niitä voivat olla esimerkiksi soittaminen, laulaminen, musiikin kuuntelu, improvisointi, säveltäminen, mielikuvatyöskentely ja vibroakustinen hoito, sekä kehollinen ja kuvallinen ilmaisu ja leikki. Terapiassa esiin nousevia teemoja voidaan musiikin lisäksi käsitellä sanallisesti ja tarvittaessa käyttää puhetta tukevia ja korvaavia menetelmiä, kuten tukiviittomia ja kuvia. Asiakkaalla ei tarvitse olla aiempia musiikillisia tietoja tai taitoja.